### R code from vignette source 'msd16s.Rnw'

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### code chunk number 1: msd16s.Rnw:34-37
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suppressMessages(library(metagenomeSeq))
library(msd16s)
data(msd16s)


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### code chunk number 2: msd16s.Rnw:43-44
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msd16s


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### code chunk number 3: msd16s.Rnw:52-54
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phenoData(msd16s)
head(pData(msd16s))


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### code chunk number 4: msd16s.Rnw:58-60
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featureData(msd16s)
head(fData(msd16s))


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### code chunk number 5: msd16s.Rnw:64-65
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head(MRcounts(msd16s[,1:10]))


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### code chunk number 6: msd16s.Rnw:69-71
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msd16s_bangladesh = msd16s[,pData(msd16s)$Country == "Bangladesh"]
msd16s_bangladesh