### R code from vignette source 'yeastRNASeq.Rnw'

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### code chunk number 1: yeastRNASeq.Rnw:22-23
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options(width = 70)


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### code chunk number 2: yeastRNASeq.Rnw:26-27
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require(yeastRNASeq)


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### code chunk number 3: yeastRNASeq.Rnw:31-33
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x <- citation(package = "yeastRNASeq")[[1]]
print(x, bibtex = FALSE)


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### code chunk number 4: yeastRNASeq.Rnw:38-39
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citation("yeastRNASeq")


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### code chunk number 5: yeastRNASeq.Rnw:53-54
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list.files(file.path(system.file(package = "yeastRNASeq"), "reads"))


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### code chunk number 6: yeastRNASeq.Rnw:64-70
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require(ShortRead)
files <- list.files(file.path(system.file(package = "yeastRNASeq"), "reads"),
                    pattern = "bowtie", full.names = TRUE)
names(files) <- gsub("\\.bowtie.*", "", basename(files))
names(files)
aligned <- lapply(files, readAligned, type = "Bowtie")


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### code chunk number 7: yeastRNASeq.Rnw:78-80
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data(yeastAligned)
yeastAligned[["mut_1_f"]]


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### code chunk number 8: yeastRNASeq.Rnw:83-84
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round(sapply(aligned, length) / 500000, 2)


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### code chunk number 9: yeastRNASeq.Rnw:91-95
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data(yeastAnno)
dim(yeastAnno)
head(yeastAnno, n = 2)
table(yeastAnno$gene_biotype)


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### code chunk number 10: yeastRNASeq.Rnw:99-101
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data(geneLevelData)
head(geneLevelData, n = 2)