{ "OneChannel": { "name": "OneChannel", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Microarray" ], "packageList": [ "RTools4TB", "GEOquery", "affyPLM", "ArrayExpress", "beadarray", "bridge", "clippda", "xmapcore", "affyQCReport", "copa", "Starr", "plw", "maDB", "ArrayTools", "tilingArray", "puma", "oneChannelGUI", "arrayQualityMetrics", "simpleaffy", "gcrma", "SAGx", "affycoretools", "AgiMicroRna", "aroma.light", "affypdnn", "affycomp", "limma", "Agi4x44PreProcess", "globaltest", "GeneRegionScan", "RefPlus", "affyILM", "AffyCompatible", "oligo", "xps", "webbioc", "RLMM", "codelink", "affy", "PROMISE", "ABarray", "makecdfenv", "annaffy", "yaqcaffy", "affylmGUI", "makePlatformDesign", "exonmap", "GlobalAncova", "AffyExpress", "vsn", "lapmix", "lumi", "altcdfenvs" ], "childnum": 53 }, "ExonArray": { "name": "ExonArray", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayDomains" ], "packageList": [ "siggenes", "oligo", "xps" ], "childnum": 3 }, "DNAMethylation": { "name": "DNAMethylation", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayDomains" ], "packageList": [ "methVisual", "methylumi", "MassArray", "HELP", "oligo", "charm" ], "childnum": 6 }, "Pathways": { "name": "Pathways", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Annotation" ], "packageList": [ "annotate", "GOSemSim", "keggorthology", "qpgraph", "Category", "nem", "globaltest", "occugene", "miRNApath", "domainsignatures", "KEGGgraph", "annaffy", "gene2pathway", "GlobalAncova", "KEGGSOAP", "LiquidAssociation" ], "childnum": 16 }, "ChipManufacturer": { "name": "ChipManufacturer", "subViews": [ "AgilentChip" ], "parentViews": [ "AnnotationData" ], "packageList": [ "AgiMicroRna" ], "childnum": 1 }, "HighThroughputSequencingData": { "name": "HighThroughputSequencingData", "subViews": [ ], "parentViews": [ "ExperimentData" ], "packageList": [ "goseq" ], "childnum": 1 }, "TwoChannel": { "name": "TwoChannel", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Microarray" ], "packageList": [ "snapCGH", "RTools4TB", "OLIN", "GEOquery", "ArrayExpress", "bridge", "copa", "beadarraySNP", "CALIB", "plw", "methylumi", "maDB", "arrayQualityMetrics", "marray", "HELP", "limmaGUI", "daMA", "aroma.light", "stepNorm", "limma", "nudge", "arrayQuality", "genArise", "oligo", "maigesPack", "Ringo", "OLINgui", "dyebias", "convert", "spotSegmentation", "rama", "makePlatformDesign", "SMAP", "vsn", "nnNorm", "MANOR" ], "childnum": 36 }, "AnnotationData": { "name": "AnnotationData", "subViews": [ "ChipManufacturer", "SequenceAnnotation" ], "parentViews": [ "BiocViews" ], "packageList": [ "DAVIDQuery" ], "childnum": 5 }, "ProprietaryPlatforms": { "name": "ProprietaryPlatforms", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Annotation" ], "packageList": [ "altcdfenvs" ], "childnum": 1 }, "SAGE": { "name": "SAGE", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayTechnologies" ], "packageList": [ "GEOquery", "edgeR", "sagenhaft", "baySeq", "DESeq" ], "childnum": 5 }, "Sequencing": { "name": "Sequencing", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayTechnologies" ], "packageList": [ "rGADEM", "PICS", "girafe", "GenomicRanges", "Rsamtools", "ShortRead", "Rolexa" ], "childnum": 7 }, "Clustering": { "name": "Clustering", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Bioinformatics" ], "packageList": [ "RTools4TB", "BicARE", "methVisual", "flowMeans", "GOSemSim", "puma", "flowMerge", "clusterStab", "SAGx", "made4", "Mfuzz", "ChemmineR", "PICS", "CORREP", "SamSPECTRAL", "flowFP", "maanova", "MLInterfaces", "maigesPack", "ConsensusClusterPlus", "geneRecommender", "SpeCond", "ctc", "hopach", "MantelCorr", "flowClust", "adSplit" ], "childnum": 27 }, "Microarray": { "name": "Microarray", "subViews": [ "OneChannel", "TwoChannel", "MultiChannel" ], "parentViews": [ "AssayTechnologies" ], "packageList": [ "snapCGH", "RTools4TB", "OLIN", "GEOsubmission", "GEOquery", "affyPLM", "ArrayExpress", "beadarray", "bridge", "xmapcore", "affyQCReport", "SIM", "MiPP", "BicARE", "tspair", "ssize", "rbsurv", "Starr", "factDesign", "dualKS", "CALIB", "fdrame", "timecourse", "rGADEM", "plw", "twilight", "metahdep", "maDB", "multiscan", "CNTools", "ArrayTools", "tilingArray", "puma", "maCorrPlot", "MEDME", "LMGene", "oneChannelGUI", "qpgraph", "goTools", "ExpressionView", "arrayQualityMetrics", "marray", "LPE", "macat", "GSRI", "SPIA", "PLPE", "simpleaffy", "GenomeGraphs", "tigre", "pamr", "HELP", "iterativeBMA", "XDE", "diffGeneAnalysis", "rMAT", "limmaGUI", "BAC", "RPA", "gcrma", "annotationTools", "SAGx", "daMA", "affycoretools", "CGHregions", "AgiMicroRna", "CGHnormaliter", "aroma.light", "HEM", "affypdnn", "affycomp", "sizepower", "MiChip", "Rmagpie", "stepNorm", "limma", "iterativeBMAsurv", "iChip", "Mfuzz", "Agi4x44PreProcess", "nudge", "siggenes", "nem", "maSigPro", "globaltest", "genoCN", "GeneRegionScan", "betr", "goProfiles", "CORREP", "BGmix", "explorase", "arrayQuality", "BeadDataPackR", "minet", "Heatplus", "pcot2", "RefPlus", "logitT", "gpls", "affyILM", "genArise", "maanova", "AffyCompatible", "MotIV", "oligo", "maigesPack", "OrderedList", "frma", "geneRecommender", "SpeCond", "cycle", "ctc", "charm", "Ringo", "pickgene", "xps", "crlmm", "affyPara", "DFP", "webbioc", "eisa", "bgx", "RLMM", "DNAcopy", "cghMCR", "KCsmart", "LPEadj", "reb", "OLINgui", "plgem", "mBPCR", "codelink", "affy", "GeneTraffic", "ITALICS", "AffyTiling", "spkTools", "matchprobes", "RMAGEML", "PROMISE", "snpMatrix", "metaArray", "dyebias", "ABarray", "convert", "annaffy", "RmiR", "spotSegmentation", "CGHcall", "topGO", "Resourcerer", "OCplus", "yaqcaffy", "rHVDM", "pint", "frmaTools", "adSplit", "affylmGUI", "SSPA", "rama", "makePlatformDesign", "gene2pathway", "exonmap", "GlobalAncova", "genefilter", "AffyExpress", "impute", "SMAP", "GSEAlm", "vsn", "OutlierD", "spikeLI", "multtest", "MergeMaid", "CGHbase", "arrayMvout", "PGSEA", "lapmix", "affyio", "nnNorm", "lumi", "GLAD", "altcdfenvs", "DEDS", "MANOR" ], "childnum": 191 }, "BiocViews": { "name": "BiocViews", "subViews": [ "AnnotationData", "Software", "ExperimentData" ], "parentViews": [ ], "packageList": [ "AgiMicroRna", "rGADEM", "MotIV", "microRNA", "DAVIDQuery", "siggenes", "oligo", "xps", "methVisual", "methylumi", "MassArray", "HELP", "oligo", "charm", "GGtools", "CNVtools", "GGBase", "SNPchip", "beadarraySNP", "RLMM", "snpMatrix", "VanillaICE", "RTools4TB", "qpgraph", "ExpressionView", "tigre", "RPA", "affycoretools", "qpcrNorm", "siggenes", "HTqPCR", "DEGseq", "oligo", "xps", "eisa", "PROMISE", "RmiR", "goseq", "pint", "LiquidAssociation", "Starr", "rGADEM", "MotIV", "oligo", "ChIPpeakAnno", "flowCore", "RNAither", "cellHTS", "flowFP", "flowUtils", "RTCA", "cellHTS2", "flowQ", "rflowcyt", "flowViz", "flowStats", "plateCore", "prada", "snapCGH", "SNPchip", "beadarraySNP", "CNTools", "aCGH", "CGHregions", "quantsmooth", "oligo", "crlmm", "DNAcopy", "cghMCR", "reb", "mBPCR", "ITALICS", "SMAP", "CGHbase", "VanillaICE", "GLAD", "MANOR", "methylumi", "MEDME", "HELP", "oligo", "KCsmart", "mBPCR", "pint", "xmapcore", "BicARE", "qpgraph", "GSRI", "simpleaffy", "tigre", "BAC", "CSAR", "oligo", "xps", "splicegear", "goseq", "rHVDM", "exonmap", "altcdfenvs", "GGtools", "GGBase", "SNPchip", "beadarraySNP", "MassArray", "siggenes", "GeneRegionScan", "oligo", "crlmm", "RLMM", "mBPCR", "snpMatrix", "logicFS", "VanillaICE", "bridge", "clippda", "ssize", "copa", "factDesign", "fdrame", "timecourse", "sigPathway", "plw", "twilight", "metahdep", "ArrayTools", "puma", "LMGene", "oneChannelGUI", "LPE", "macat", "GSRI", "PLPE", "simpleaffy", "XDE", "edgeR", "diffGeneAnalysis", "limmaGUI", "SAGx", "daMA", "AgiMicroRna", "HEM", "edd", "limma", "nudge", "siggenes", "maSigPro", "globaltest", "gaga", "betr", "BGmix", "pcot2", "logitT", "HTqPCR", "maanova", "miRNApath", "DEGseq", "oligo", "maigesPack", "OrderedList", "SpeCond", "RankProd", "pickgene", "xps", "ROC", "GeneSelector", "GeneSelectMMD", "DFP", "baySeq", "webbioc", "bgx", "plgem", "flagme", "sscore", "metaArray", "OCplus", "pint", "affylmGUI", "exonmap", "GlobalAncova", "AffyExpress", "multtest", "MergeMaid", "lapmix", "DESeq", "DEDS", "MVCClass", "SBMLR", "ontoTools", "GeneAnswers", "GraphAlignment", "keggorthology", "GraphAT", "qpgraph", "graph", "apComplex", "SPIA", "ScISI", "hypergraph", "pathRender", "hyperdraw", "pkgDepTools", "nem", "CORREP", "rsbml", "minet", "PCpheno", "Rgraphviz", "simulatorAPMS", "gaggle", "biocGraph", "SLGI", "maigesPack", "BioMVCClass", "KEGGgraph", "ppiStats", "rHVDM", "gene2pathway", "RBGL", "GeneAnswers", "cosmoGUI", "limmaGUI", "explorase", "iFlow", "affylmGUI", "RTools4TB", "GEOquery", "ArrayExpress", "affxparser", "beadarraySNP", "Starr", "aCGH", "oneChannelGUI", "MassArray", "simpleaffy", "HELP", "rtracklayer", "limmaGUI", "SAGx", "limma", "genomeIntervals", "GeneRegionScan", "HTqPCR", "oligo", "ctc", "Ringo", "xps", "Rsamtools", "codelink", "makecdfenv", "affylmGUI", "ShortRead", "exonmap", "Rolexa", "SRAdb", "affyio", "MANOR", "TypeInfo", "Biobase", "affxparser", "MVCClass", "flowCore", "BSgenome", "preprocessCore", "ontoTools", "GeneAnswers", "Rdbi", "BufferedMatrix", "GeneSpring", "Rredland", "DynDoc", "weaver", "affyContam", "hypergraph", "AnnotationDbi", "aroma.light", "RWebServices", "Icens", "pkgDepTools", "genomeIntervals", "biocDatasets", "GSEABase", "Ruuid", "flowUtils", "RTCA", "IRanges", "AffyCompatible", "flowQ", "Biostrings", "GenomicFeatures", "microRNA", "BiocCaseStudies", "BioMVCClass", "webbioc", "splicegear", "rflowcyt", "oligoClasses", "flowViz", "GeneTraffic", "externalVector", "convert", "plateCore", "pgUtils", "biocViews", "pdInfoBuilder", "makePlatformDesign", "widgetTools", "tkWidgets", "BufferedMatrixMethods", "GEOmetadb", "chipseq", "CGHbase", "arrayMvout", "SRAdb", "RpsiXML", "affyio", "ChIPsim", "RdbiPgSQL", "annotate", "GOSemSim", "keggorthology", "qpgraph", "Category", "nem", "globaltest", "occugene", "miRNApath", "domainsignatures", "KEGGgraph", "annaffy", "gene2pathway", "GlobalAncova", "KEGGSOAP", "LiquidAssociation", "altcdfenvs", "xmapcore", "ArrayTools", "arrayQualityMetrics", "xmapbridge", "DynDoc", "simpleaffy", "affycoretools", "SpeCond", "annaffy", "yaqcaffy", "exonmap", "AffyExpress", "annotate", "GOSemSim", "goTools", "RNAither", "Category", "globaltest", "goProfiles", "annaffy", "goseq", "GOstats", "RTools4TB", "xmapcore", "annotate", "biomaRt", "ArrayTools", "xmapbridge", "RNAither", "simpleaffy", "rtracklayer", "annotationTools", "AnnotationDbi", "Category", "GeneR", "occugene", "gaggle", "miRNApath", "domainsignatures", "GenomicFeatures", "GenomicRanges", "ChIPpeakAnno", "matchprobes", "GeneRfold", "annaffy", "Resourcerer", "pdInfoBuilder", "exonmap", "ecolitk", "AffyExpress", "KEGGSOAP", "GOstats", "PAnnBuilder", "altcdfenvs", "rGADEM", "PICS", "girafe", "GenomicRanges", "Rsamtools", "ShortRead", "Rolexa", "GEOquery", "edgeR", "sagenhaft", "baySeq", "DESeq", "RTools4TB", "GEOquery", "affyPLM", "ArrayExpress", "beadarray", "bridge", "clippda", "xmapcore", "affyQCReport", "copa", "Starr", "plw", "maDB", "ArrayTools", "tilingArray", "puma", "oneChannelGUI", "arrayQualityMetrics", "simpleaffy", "gcrma", "SAGx", "affycoretools", "AgiMicroRna", "aroma.light", "affypdnn", "affycomp", "limma", "Agi4x44PreProcess", "globaltest", "GeneRegionScan", "RefPlus", "affyILM", "AffyCompatible", "oligo", "xps", "webbioc", "RLMM", "codelink", "affy", "PROMISE", "ABarray", "makecdfenv", "annaffy", "yaqcaffy", "affylmGUI", "makePlatformDesign", "exonmap", "GlobalAncova", "AffyExpress", "vsn", "lapmix", "lumi", "altcdfenvs", "snapCGH", "RTools4TB", "OLIN", "GEOquery", "ArrayExpress", "bridge", "copa", "beadarraySNP", "CALIB", "plw", "methylumi", "maDB", "arrayQualityMetrics", "marray", "HELP", "limmaGUI", "daMA", "aroma.light", "stepNorm", "limma", "nudge", "arrayQuality", "genArise", "oligo", "maigesPack", "Ringo", "OLINgui", "dyebias", "convert", "spotSegmentation", "rama", "makePlatformDesign", "SMAP", "vsn", "nnNorm", "MANOR", "aroma.light", "snapCGH", "RTools4TB", "OLIN", "GEOsubmission", "GEOquery", "affyPLM", "ArrayExpress", "beadarray", "bridge", "xmapcore", "affyQCReport", "SIM", "MiPP", "BicARE", "tspair", "ssize", "rbsurv", "Starr", "factDesign", "dualKS", "CALIB", "fdrame", "timecourse", "rGADEM", "plw", "twilight", "metahdep", "maDB", "multiscan", "CNTools", "ArrayTools", "tilingArray", "puma", "maCorrPlot", "MEDME", "LMGene", "oneChannelGUI", "qpgraph", "goTools", "ExpressionView", "arrayQualityMetrics", "marray", "LPE", "macat", "GSRI", "SPIA", "PLPE", "simpleaffy", "GenomeGraphs", "tigre", "pamr", "HELP", "iterativeBMA", "XDE", "diffGeneAnalysis", "rMAT", "limmaGUI", "BAC", "RPA", "gcrma", "annotationTools", "SAGx", "daMA", "affycoretools", "CGHregions", "AgiMicroRna", "CGHnormaliter", "aroma.light", "HEM", "affypdnn", "affycomp", "sizepower", "MiChip", "Rmagpie", "stepNorm", "limma", "iterativeBMAsurv", "iChip", "Mfuzz", "Agi4x44PreProcess", "nudge", "siggenes", "nem", "maSigPro", "globaltest", "genoCN", "GeneRegionScan", "betr", "goProfiles", "CORREP", "BGmix", "explorase", "arrayQuality", "BeadDataPackR", "minet", "Heatplus", "pcot2", "RefPlus", "logitT", "gpls", "affyILM", "genArise", "maanova", "AffyCompatible", "MotIV", "oligo", "maigesPack", "OrderedList", "frma", "geneRecommender", "SpeCond", "cycle", "ctc", "charm", "Ringo", "pickgene", "xps", "crlmm", "affyPara", "DFP", "webbioc", "eisa", "bgx", "RLMM", "DNAcopy", "cghMCR", "KCsmart", "LPEadj", "reb", "OLINgui", "plgem", "mBPCR", "codelink", "affy", "GeneTraffic", "ITALICS", "AffyTiling", "spkTools", "matchprobes", "RMAGEML", "PROMISE", "snpMatrix", "metaArray", "dyebias", "ABarray", "convert", "annaffy", "RmiR", "spotSegmentation", "CGHcall", "topGO", "Resourcerer", "OCplus", "yaqcaffy", "rHVDM", "pint", "frmaTools", "adSplit", "affylmGUI", "SSPA", "rama", "makePlatformDesign", "gene2pathway", "exonmap", "GlobalAncova", "genefilter", "AffyExpress", "impute", "SMAP", "GSEAlm", "vsn", "OutlierD", "spikeLI", "multtest", "MergeMaid", "CGHbase", "arrayMvout", "PGSEA", "lapmix", "affyio", "nnNorm", "lumi", "GLAD", "altcdfenvs", "DEDS", "MANOR", "TargetSearch", "PROcess", "MassArray", "MassSpecWavelet", "apComplex", "Rdisop", "simulatorAPMS", "xcms", "CAMERA", "flagme", "flowMeans", "flowMerge", "SamSPECTRAL", "iFlow", "flowStats", "flowClust", "flowTrans", "flowFlowJo", "HTqPCR", "oneChannelGUI", "edgeR", "DEGseq", "goseq", "DESeq", "BayesPeak", "CSAR", "PICS", "ChIPpeakAnno", "ChIPsim", "DESeq", "oneChannelGUI", "edgeR", "GenomicFeatures", "girafe", "GenomicRanges", "Rsamtools", "baySeq", "segmentSeq", "ShortRead", "SRAdb", "DESeq", "spkTools", "GGtools", "GGBase", "BSgenome", "aCGH", "fbat", "MassArray", "GSRI", "GeneR", "CSAR", "genomeIntervals", "genoCN", "GeneticsDesign", "IRanges", "Biostrings", "GenomicFeatures", "GenomicRanges", "GeneticsPed", "GeneRfold", "pint", "GeneticsBase", "LiquidAssociation", "logicFS", "flowMeans", "SamSPECTRAL", "LiquidAssociation", "clippda", "PROcess", "MassSpecWavelet", "PLPE", "ScISI", "PCpheno", "SLGI", "LPEadj", "plgem", "ppiStats", "RpsiXML", "PAnnBuilder", "RTools4TB", "BicARE", "methVisual", "flowMeans", "GOSemSim", "puma", "flowMerge", "clusterStab", "SAGx", "made4", "Mfuzz", "ChemmineR", "PICS", "CORREP", "SamSPECTRAL", "flowFP", "maanova", "MLInterfaces", "maigesPack", "ConsensusClusterPlus", "geneRecommender", "SpeCond", "ctc", "hopach", "MantelCorr", "flowClust", "adSplit", "snapCGH", "OLIN", "affyPLM", "beadarray", "TargetSearch", "beadarraySNP", "Starr", "CALIB", "methylumi", "multiscan", "ArrayTools", "tilingArray", "puma", "maCorrPlot", "LMGene", "oneChannelGUI", "marray", "RNAither", "simpleaffy", "HELP", "BUS", "rMAT", "limmaGUI", "RPA", "gcrma", "SAGx", "qpcrNorm", "AgiMicroRna", "CGHnormaliter", "aroma.light", "affypdnn", "affycomp", "stepNorm", "limma", "Mfuzz", "Agi4x44PreProcess", "RefPlus", "affyILM", "cellHTS2", "HTqPCR", "genArise", "DEGseq", "oligo", "maigesPack", "frma", "Ringo", "xps", "crlmm", "affyPara", "OLINgui", "codelink", "affy", "AffyTiling", "dyebias", "ABarray", "makecdfenv", "spotSegmentation", "CGHcall", "frmaTools", "affylmGUI", "rama", "makePlatformDesign", "exonmap", "AffyExpress", "Rolexa", "vsn", "nnNorm", "lumi", "altcdfenvs", "MANOR", "OLIN", "SNPchip", "xmapcore", "SIM", "copa", "MVCClass", "HilbertVisGUI", "GeneAnswers", "maDB", "ArrayTools", "tilingArray", "maCorrPlot", "MassArray", "goTools", "ExpressionView", "xmapbridge", "macat", "apComplex", "RNAither", "EBImage", "simpleaffy", "GenomeGraphs", "HELP", "rtracklayer", "CGHregions", "aroma.light", "Mfuzz", "GeneRegionScan", "geneplotter", "PICS", "cellHTS", "flowFP", "explorase", "arrayQuality", "Heatplus", "RTCA", "cellHTS2", "HTqPCR", "idiogram", "gaggle", "quantsmooth", "ctc", "BioMVCClass", "eisa", "KCsmart", "flowViz", "HilbertVis", "reb", "OLINgui", "ChromHeatMap", "RmiR", "CGHcall", "topGO", "flowClust", "prada", "exonmap", "ecolitk", "AffyExpress", "MergeMaid", "VanillaICE", "clippda", "fdrame", "sigPathway", "twilight", "oneChannelGUI", "limmaGUI", "SAGx", "made4", "limma", "siggenes", "BGmix", "HTqPCR", "qvalue", "OrderedList", "SpeCond", "LBE", "parody", "baySeq", "segmentSeq", "PROMISE", "OCplus", "affylmGUI", "multtest", "GOstats", "timecourse", "tigre", "limma", "Mfuzz", "maSigPro", "betr", "RTCA", "cycle", "RmiR", "LiquidAssociation", "cosmoGUI", "seqLogo", "Biostrings", "microRNA", "BCRANK", "cosmo", "OLIN", "affyPLM", "beadarray", "affyQCReport", "Starr", "methylumi", "ArrayTools", "oneChannelGUI", "arrayQualityMetrics", "RNAither", "simpleaffy", "HELP", "limmaGUI", "RPA", "limma", "arrayQuality", "HTqPCR", "Ringo", "OLINgui", "dyebias", "spotSegmentation", "yaqcaffy", "affylmGUI", "ShortRead", "rama", "AffyExpress", "Rolexa", "spikeLI", "arrayMvout", "altcdfenvs", "MANOR", "RTools4TB", "MCRestimate", "MiPP", "methVisual", "BioSeqClass", "ExpressionView", "pamr", "iterativeBMA", "pdmclass", "made4", "Rmagpie", "gaga", "gpls", "MLInterfaces", "maigesPack", "ctc", "eisa", "vbmp", "bgafun", "rHVDM", "CMA", "gene2pathway", "logicFS", "GGtools", "GGBase", "clippda", "Biobase", "xmapcore", "MCRestimate", "SIM", "BicARE", "tspair", "ssize", "rbsurv", "factDesign", "dualKS", "methVisual", "sigPathway", "plw", "flowMeans", "twilight", "metahdep", "puma", "flowMerge", "LMGene", "GraphAT", "qpgraph", "pcaMethods", "LPE", "RNAither", "simpleaffy", "tigre", "iterativeBMA", "XDE", "edgeR", "diffGeneAnalysis", "ACME", "affyContam", "limmaGUI", "BAC", "SAGx", "Category", "made4", "daMA", "HEM", "sizepower", "edd", "Icens", "limma", "iterativeBMAsurv", "iChip", "nem", "globaltest", "gaga", "GeneMeta", "betr", "occugene", "GSEABase", "CORREP", "SamSPECTRAL", "flowFP", "gpls", "HTqPCR", "MLInterfaces", "miRNApath", "iFlow", "domainsignatures", "CoCiteStats", "oligo", "maigesPack", "SLqPCR", "ConsensusClusterPlus", "SpeCond", "LBE", "cycle", "charm", "BiocCaseStudies", "Rtreemix", "parody", "crlmm", "ROC", "GeneSelectMMD", "DFP", "baySeq", "rflowcyt", "LPEadj", "flowStats", "mBPCR", "flagme", "segmentSeq", "MantelCorr", "bioDist", "PROMISE", "vbmp", "sscore", "metaArray", "bgafun", "topGO", "OCplus", "flowClust", "adSplit", "affylmGUI", "gene2pathway", "flowTrans", "exonmap", "GlobalAncova", "genefilter", "AffyExpress", "impute", "GSEAlm", "OutlierD", "chipseq", "arrayMvout", "LiquidAssociation", "lapmix", "ChIPsim", "GOstats", "VanillaICE", "MeasurementError.cor", "DEDS", "snapCGH", "TypeInfo", "RTools4TB", "GGtools", "CNVtools", "OLIN", "GEOsubmission", "BayesPeak", "GEOquery", "EBarrays", "GGBase", "affyPLM", "SNPchip", "ArrayExpress", "beadarray", "bridge", "clippda", "Biobase", "xmapcore", "MCRestimate", "affxparser", "affyQCReport", "SIM", "TargetSearch", "MiPP", "BicARE", "tspair", "ssize", "rbsurv", "copa", "beadarraySNP", "Starr", "MVCClass", "HilbertVisGUI", "flowCore", "factDesign", "dualKS", "ChIPseqR", "CALIB", "BSgenome", "methVisual", "fdrame", "SBMLR", "timecourse", "sigPathway", "rGADEM", "plw", "methylumi", "mdqc", "flowMeans", "twilight", "preprocessCore", "ontoTools", "annotate", "GOSemSim", "biomaRt", "GeneAnswers", "Rdbi", "metahdep", "maDB", "BufferedMatrix", "RbcBook1", "PROcess", "multiscan", "GraphAlignment", "CNTools", "ArrayTools", "aCGH", "tilingArray", "hexbin", "fbat", "DAVIDQuery", "puma", "maCorrPlot", "keggorthology", "flowMerge", "MEDME", "GeneSpring", "LMGene", "GraphAT", "oneChannelGUI", "BioSeqClass", "SJava", "MassArray", "qpgraph", "pcaMethods", "graph", "goTools", "MassSpecWavelet", "Rredland", "cosmoGUI", "ExpressionView", "arrayQualityMetrics", "xmapbridge", "marray", "LPE", "DynDoc", "macat", "apComplex", "GSRI", "RNAither", "SPIA", "PLPE", "EBImage", "simpleaffy", "GenomeGraphs", "clusterStab", "tigre", "pamr", "HELP", "weaver", "iterativeBMA", "BUS", "XDE", "ScISI", "rtracklayer", "edgeR", "diffGeneAnalysis", "ACME", "affyContam", "seqLogo", "rMAT", "limmaGUI", "hypergraph", "BAC", "RPA", "gcrma", "annotationTools", "AnnotationDbi", "SAGx", "Category", "pdmclass", "made4", "ddCt", "daMA", "affycoretools", "CGHregions", "qpcrNorm", "pathRender", "hyperdraw", "AgiMicroRna", "CGHnormaliter", "aroma.light", "HEM", "affypdnn", "RWebServices", "Genominator", "affycomp", "GeneR", "sizepower", "edd", "CSAR", "MiChip", "Icens", "Rmagpie", "stepNorm", "limma", "iterativeBMAsurv", "iChip", "Mfuzz", "Agi4x44PreProcess", "nudge", "genomes", "siggenes", "pkgDepTools", "nem", "maSigPro", "globaltest", "genomeIntervals", "genoCN", "gaga", "GeneRegionScan", "GeneMeta", "betr", "ChemmineR", "biocDatasets", "occugene", "geneplotter", "Rdisop", "goProfiles", "PICS", "cellHTS", "GSEABase", "CORREP", "SamSPECTRAL", "BGmix", "flowFP", "explorase", "arrayQuality", "BeadDataPackR", "GeneticsDesign", "Ruuid", "splots", "rsbml", "minet", "Heatplus", "plier", "pcot2", "flowUtils", "PCpheno", "RTCA", "Rgraphviz", "RefPlus", "logitT", "gpls", "affyILM", "cellHTS2", "HTqPCR", "IRanges", "simulatorAPMS", "qvalue", "idiogram", "genArise", "gaggle", "biocGraph", "quantsmooth", "maanova", "MLInterfaces", "AffyCompatible", "SLGI", "xcms", "miRNApath", "iFlow", "flowQ", "domainsignatures", "MotIV", "Biostrings", "CoCiteStats", "DEGseq", "sagenhaft", "oligo", "maigesPack", "OrderedList", "SLqPCR", "GenomicFeatures", "microRNA", "frma", "ConsensusClusterPlus", "girafe", "geneRecommender", "SpeCond", "LBE", "cycle", "ctc", "BCRANK", "charm", "RankProd", "Ringo", "pickgene", "hopach", "GenomicRanges", "BiocCaseStudies", "Rtreemix", "xps", "parody", "crlmm", "Rsamtools", "ROC", "GeneSelector", "GeneSelectMMD", "affyPara", "DFP", "BioMVCClass", "baySeq", "webbioc", "splicegear", "rflowcyt", "eisa", "bgx", "CAMERA", "RLMM", "DNAcopy", "cghMCR", "KCsmart", "oligoClasses", "flowViz", "GeneticsPed", "HilbertVis", "LPEadj", "safe", "reb", "flowStats", "OLINgui", "plgem", "mBPCR", "codelink", "affy", "GeneTraffic", "externalVector", "ChIPpeakAnno", "ITALICS", "AffyTiling", "spkTools", "matchprobes", "flagme", "RMAGEML", "segmentSeq", "MantelCorr", "bioDist", "KEGGgraph", "cosmo", "ChromHeatMap", "RBioinf", "PROMISE", "vbmp", "sscore", "snpMatrix", "metaArray", "dyebias", "GeneRfold", "ABarray", "makecdfenv", "convert", "annaffy", "RmiR", "spotSegmentation", "ppiStats", "goseq", "CGHcall", "bgafun", "topGO", "Resourcerer", "OCplus", "yaqcaffy", "rHVDM", "pint", "frmaTools", "flowClust", "adSplit", "affylmGUI", "plateCore", "pgUtils", "biocViews", "SSPA", "ShortRead", "GeneticsBase", "CMA", "rama", "prada", "pdInfoBuilder", "makePlatformDesign", "gene2pathway", "flowTrans", "exonmap", "ecolitk", "GlobalAncova", "genefilter", "AffyExpress", "widgetTools", "impute", "SMAP", "Rolexa", "GSEAlm", "vsn", "tkWidgets", "panp", "flowFlowJo", "KEGGSOAP", "OutlierD", "BufferedMatrixMethods", "GEOmetadb", "spikeLI", "multtest", "MergeMaid", "chipseq", "CGHbase", "RBGL", "arrayMvout", "SRAdb", "PGSEA", "LiquidAssociation", "lapmix", "RpsiXML", "affyio", "ChIPsim", "nnNorm", "lumi", "logicFS", "GOstats", "RdbiPgSQL", "VanillaICE", "Harshlight", "PAnnBuilder", "GLAD", "DESeq", "MeasurementError.cor", "altcdfenvs", "DEDS", "MANOR", "goseq", "flowMeans", "SamSPECTRAL", "flowMeans", "SamSPECTRAL", "flowMeans", "SamSPECTRAL", "flowMeans", "SamSPECTRAL" ], "childnum": 389 }, "Preprocessing": { "name": "Preprocessing", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Bioinformatics" ], "packageList": [ "snapCGH", "OLIN", "affyPLM", "beadarray", "TargetSearch", "beadarraySNP", "Starr", "CALIB", "methylumi", "multiscan", "ArrayTools", "tilingArray", "puma", "maCorrPlot", "LMGene", "oneChannelGUI", "marray", "RNAither", "simpleaffy", "HELP", "BUS", "rMAT", "limmaGUI", "RPA", "gcrma", "SAGx", "qpcrNorm", "AgiMicroRna", "CGHnormaliter", "aroma.light", "affypdnn", "affycomp", "stepNorm", "limma", "Mfuzz", "Agi4x44PreProcess", "RefPlus", "affyILM", "cellHTS2", "HTqPCR", "genArise", "DEGseq", "oligo", "maigesPack", "frma", "Ringo", "xps", "crlmm", "affyPara", "OLINgui", "codelink", "affy", "AffyTiling", "dyebias", "ABarray", "makecdfenv", "spotSegmentation", "CGHcall", "frmaTools", "affylmGUI", "rama", "makePlatformDesign", "exonmap", "AffyExpress", "Rolexa", "vsn", "nnNorm", "lumi", "altcdfenvs", "MANOR" ], "childnum": 70 }, "Cancer": { "name": "Cancer", "subViews": [ ], "parentViews": [ "ExperimentData" ], "packageList": [ "flowMeans", "SamSPECTRAL" ], "childnum": 2 }, "AssayDomains": { "name": "AssayDomains", "subViews": [ "ExonArray", "DNAMethylation", "GeneticVariability", "GeneExpression", "ChIPchip", "CellBasedAssays", "CopyNumberVariants", "CpGIsland", "aCGH", "Transcription", "SNP", "DifferentialExpression" ], "parentViews": [ "Software" ], "packageList": [ "siggenes", "oligo", "xps", "methVisual", "methylumi", "MassArray", "HELP", "oligo", "charm", "GGtools", "CNVtools", "GGBase", "SNPchip", "beadarraySNP", "RLMM", "snpMatrix", "VanillaICE", "RTools4TB", "qpgraph", "ExpressionView", "tigre", "RPA", "affycoretools", "qpcrNorm", "siggenes", "HTqPCR", "DEGseq", "oligo", "xps", "eisa", "PROMISE", "RmiR", "goseq", "pint", "LiquidAssociation", "Starr", "rGADEM", "MotIV", "oligo", "ChIPpeakAnno", "flowCore", "RNAither", "cellHTS", "flowFP", "flowUtils", "RTCA", "cellHTS2", "flowQ", "rflowcyt", "flowViz", "flowStats", "plateCore", "prada", "snapCGH", "SNPchip", "beadarraySNP", "CNTools", "aCGH", "CGHregions", "quantsmooth", "oligo", "crlmm", "DNAcopy", "cghMCR", "reb", "mBPCR", "ITALICS", "SMAP", "CGHbase", "VanillaICE", "GLAD", "MANOR", "methylumi", "MEDME", "HELP", "oligo", "KCsmart", "mBPCR", "pint", "xmapcore", "BicARE", "qpgraph", "GSRI", "simpleaffy", "tigre", "BAC", "CSAR", "oligo", "xps", "splicegear", "goseq", "rHVDM", "exonmap", "altcdfenvs", "GGtools", "GGBase", "SNPchip", "beadarraySNP", "MassArray", "siggenes", "GeneRegionScan", "oligo", "crlmm", "RLMM", "mBPCR", "snpMatrix", "logicFS", "VanillaICE", "bridge", "clippda", "ssize", "copa", "factDesign", "fdrame", "timecourse", "sigPathway", "plw", "twilight", "metahdep", "ArrayTools", "puma", "LMGene", "oneChannelGUI", "LPE", "macat", "GSRI", "PLPE", "simpleaffy", "XDE", "edgeR", "diffGeneAnalysis", "limmaGUI", "SAGx", "daMA", "AgiMicroRna", "HEM", "edd", "limma", "nudge", "siggenes", "maSigPro", "globaltest", "gaga", "betr", "BGmix", "pcot2", "logitT", "HTqPCR", "maanova", "miRNApath", "DEGseq", "oligo", "maigesPack", "OrderedList", "SpeCond", "RankProd", "pickgene", "xps", "ROC", "GeneSelector", "GeneSelectMMD", "DFP", "baySeq", "webbioc", "bgx", "plgem", "flagme", "sscore", "metaArray", "OCplus", "pint", "affylmGUI", "exonmap", "GlobalAncova", "AffyExpress", "multtest", "MergeMaid", "lapmix", "DESeq", "DEDS" ], "childnum": 140 }, "GenomicSequence": { "name": "GenomicSequence", "subViews": [ ], "parentViews": [ "SequenceAnnotation" ], "packageList": [ "rGADEM", "MotIV" ], "childnum": 2 }, "DataRepresentation": { "name": "DataRepresentation", "subViews": [ "GraphsAndNetworks" ], "parentViews": [ "Infrastructure" ], "packageList": [ "GeneAnswers" ], "childnum": 33 }, "GraphsAndNetworks": { "name": "GraphsAndNetworks", "subViews": [ ], "parentViews": [ "DataRepresentation" ], "packageList": [ "MVCClass", "SBMLR", "ontoTools", "GeneAnswers", "GraphAlignment", "keggorthology", "GraphAT", "qpgraph", "graph", "apComplex", "SPIA", "ScISI", "hypergraph", "pathRender", "hyperdraw", "pkgDepTools", "nem", "CORREP", "rsbml", "minet", "PCpheno", "Rgraphviz", "simulatorAPMS", "gaggle", "biocGraph", "SLGI", "maigesPack", "BioMVCClass", "KEGGgraph", "ppiStats", "rHVDM", "gene2pathway", "RBGL" ], "childnum": 33 }, "MassSpectrometry": { "name": "MassSpectrometry", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayTechnologies" ], "packageList": [ "TargetSearch", "PROcess", "MassArray", "MassSpecWavelet", "apComplex", "Rdisop", "simulatorAPMS", "xcms", "CAMERA", "flagme" ], "childnum": 10 }, "ChIPchip": { "name": "ChIPchip", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayDomains" ], "packageList": [ "Starr", "rGADEM", "MotIV", "oligo", "ChIPpeakAnno" ], "childnum": 5 }, "FlowCytData": { "name": "FlowCytData", "subViews": [ ], "parentViews": [ "ExperimentData" ], "packageList": [ "flowMeans", "SamSPECTRAL" ], "childnum": 2 }, "GeneExpression": { "name": "GeneExpression", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayDomains" ], "packageList": [ "RTools4TB", "qpgraph", "ExpressionView", "tigre", "RPA", "affycoretools", "qpcrNorm", "siggenes", "HTqPCR", "DEGseq", "oligo", "xps", "eisa", "PROMISE", "RmiR", "goseq", "pint", "LiquidAssociation" ], "childnum": 18 }, "GeneticVariability": { "name": "GeneticVariability", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayDomains" ], "packageList": [ "GGtools", "CNVtools", "GGBase", "SNPchip", "beadarraySNP", "RLMM", "snpMatrix", "VanillaICE" ], "childnum": 8 }, "CellBasedAssays": { "name": "CellBasedAssays", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayDomains" ], "packageList": [ "flowCore", "RNAither", "cellHTS", "flowFP", "flowUtils", "RTCA", "cellHTS2", "flowQ", "rflowcyt", "flowViz", "flowStats", "plateCore", "prada" ], "childnum": 13 }, "GUI": { "name": "GUI", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Infrastructure" ], "packageList": [ "cosmoGUI", "limmaGUI", "explorase", "iFlow", "affylmGUI" ], "childnum": 5 }, "CopyNumberVariants": { "name": "CopyNumberVariants", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayDomains" ], "packageList": [ "snapCGH", "SNPchip", "beadarraySNP", "CNTools", "aCGH", "CGHregions", "quantsmooth", "oligo", "crlmm", "DNAcopy", "cghMCR", "reb", "mBPCR", "ITALICS", "SMAP", "CGHbase", "VanillaICE", "GLAD", "MANOR" ], "childnum": 19 }, "Infrastructure": { "name": "Infrastructure", "subViews": [ "DataRepresentation", "GUI", "DataImport" ], "parentViews": [ "Software" ], "packageList": [ "TypeInfo", "Biobase", "affxparser", "MVCClass", "flowCore", "BSgenome", "preprocessCore", "ontoTools", "GeneAnswers", "Rdbi", "BufferedMatrix", "GeneSpring", "Rredland", "DynDoc", "weaver", "affyContam", "hypergraph", "AnnotationDbi", "aroma.light", "RWebServices", "Icens", "pkgDepTools", "genomeIntervals", "biocDatasets", "GSEABase", "Ruuid", "flowUtils", "RTCA", "IRanges", "AffyCompatible", "flowQ", "Biostrings", "GenomicFeatures", "microRNA", "BiocCaseStudies", "BioMVCClass", "webbioc", "splicegear", "rflowcyt", "oligoClasses", "flowViz", "GeneTraffic", "externalVector", "convert", "plateCore", "pgUtils", "biocViews", "pdInfoBuilder", "makePlatformDesign", "widgetTools", "tkWidgets", "BufferedMatrixMethods", "GEOmetadb", "chipseq", "CGHbase", "arrayMvout", "SRAdb", "RpsiXML", "affyio", "ChIPsim", "RdbiPgSQL" ], "childnum": 119 }, "CpGIsland": { "name": "CpGIsland", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayDomains" ], "packageList": [ "methylumi", "MEDME", "HELP", "oligo" ], "childnum": 4 }, "Annotation": { "name": "Annotation", "subViews": [ "Pathways", "ProprietaryPlatforms", "ReportWriting", "GO" ], "parentViews": [ "Software" ], "packageList": [ "RTools4TB", "xmapcore", "annotate", "biomaRt", "ArrayTools", "xmapbridge", "RNAither", "simpleaffy", "rtracklayer", "annotationTools", "AnnotationDbi", "Category", "GeneR", "occugene", "gaggle", "miRNApath", "domainsignatures", "GenomicFeatures", "GenomicRanges", "ChIPpeakAnno", "matchprobes", "GeneRfold", "annaffy", "Resourcerer", "pdInfoBuilder", "exonmap", "ecolitk", "AffyExpress", "KEGGSOAP", "GOstats", "PAnnBuilder", "altcdfenvs" ], "childnum": 49 }, "MultipleComparisons": { "name": "MultipleComparisons", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Bioinformatics" ], "packageList": [ "clippda", "fdrame", "sigPathway", "twilight", "oneChannelGUI", "limmaGUI", "SAGx", "made4", "limma", "siggenes", "BGmix", "HTqPCR", "qvalue", "OrderedList", "SpeCond", "LBE", "parody", "baySeq", "segmentSeq", "PROMISE", "OCplus", "affylmGUI", "multtest", "GOstats" ], "childnum": 24 }, "Genetics": { "name": "Genetics", "subViews": [ ], "parentViews": [ "BiologicalDomains" ], "packageList": [ "GGtools", "GGBase", "BSgenome", "aCGH", "fbat", "MassArray", "GSRI", "GeneR", "CSAR", "genomeIntervals", "genoCN", "GeneticsDesign", "IRanges", "Biostrings", "GenomicFeatures", "GenomicRanges", "GeneticsPed", "GeneRfold", "pint", "GeneticsBase", "LiquidAssociation", "logicFS" ], "childnum": 22 }, "Visualization": { "name": "Visualization", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Bioinformatics" ], "packageList": [ "OLIN", "SNPchip", "xmapcore", "SIM", "copa", "MVCClass", "HilbertVisGUI", "GeneAnswers", "maDB", "ArrayTools", "tilingArray", "maCorrPlot", "MassArray", "goTools", "ExpressionView", "xmapbridge", "macat", "apComplex", "RNAither", "EBImage", "simpleaffy", "GenomeGraphs", "HELP", "rtracklayer", "CGHregions", "aroma.light", "Mfuzz", "GeneRegionScan", "geneplotter", "PICS", "cellHTS", "flowFP", "explorase", "arrayQuality", "Heatplus", "RTCA", "cellHTS2", "HTqPCR", "idiogram", "gaggle", "quantsmooth", "ctc", "BioMVCClass", "eisa", "KCsmart", "flowViz", "HilbertVis", "reb", "OLINgui", "ChromHeatMap", "RmiR", "CGHcall", "topGO", "flowClust", "prada", "exonmap", "ecolitk", "AffyExpress", "MergeMaid", "VanillaICE" ], "childnum": 60 }, "CellBiology": { "name": "CellBiology", "subViews": [ ], "parentViews": [ "BiologicalDomains" ], "packageList": [ "flowMeans", "SamSPECTRAL", "LiquidAssociation" ], "childnum": 3 }, "Software": { "name": "Software", "subViews": [ "AssayDomains", "Infrastructure", "Annotation", "AssayTechnologies", "BiologicalDomains", "Bioinformatics" ], "parentViews": [ "BiocViews" ], "packageList": [ "snapCGH", "TypeInfo", "RTools4TB", "GGtools", "CNVtools", "OLIN", "GEOsubmission", "BayesPeak", "GEOquery", "EBarrays", "GGBase", "affyPLM", "SNPchip", "ArrayExpress", "beadarray", "bridge", "clippda", "Biobase", "xmapcore", "MCRestimate", "affxparser", "affyQCReport", "SIM", "TargetSearch", "MiPP", "BicARE", "tspair", "ssize", "rbsurv", "copa", "beadarraySNP", "Starr", "MVCClass", "HilbertVisGUI", "flowCore", "factDesign", "dualKS", "ChIPseqR", "CALIB", "BSgenome", "methVisual", "fdrame", "SBMLR", "timecourse", "sigPathway", "rGADEM", "plw", "methylumi", "mdqc", "flowMeans", "twilight", "preprocessCore", "ontoTools", "annotate", "GOSemSim", "biomaRt", "GeneAnswers", "Rdbi", "metahdep", "maDB", "BufferedMatrix", "RbcBook1", "PROcess", "multiscan", "GraphAlignment", "CNTools", "ArrayTools", "aCGH", "tilingArray", "hexbin", "fbat", "DAVIDQuery", "puma", "maCorrPlot", "keggorthology", "flowMerge", "MEDME", "GeneSpring", "LMGene", "GraphAT", "oneChannelGUI", "BioSeqClass", "SJava", "MassArray", "qpgraph", "pcaMethods", "graph", "goTools", "MassSpecWavelet", "Rredland", "cosmoGUI", "ExpressionView", "arrayQualityMetrics", "xmapbridge", "marray", "LPE", "DynDoc", "macat", "apComplex", "GSRI", "RNAither", "SPIA", "PLPE", "EBImage", "simpleaffy", "GenomeGraphs", "clusterStab", "tigre", "pamr", "HELP", "weaver", "iterativeBMA", "BUS", "XDE", "ScISI", "rtracklayer", "edgeR", "diffGeneAnalysis", "ACME", "affyContam", "seqLogo", "rMAT", "limmaGUI", "hypergraph", "BAC", "RPA", "gcrma", "annotationTools", "AnnotationDbi", "SAGx", "Category", "pdmclass", "made4", "ddCt", "daMA", "affycoretools", "CGHregions", "qpcrNorm", "pathRender", "hyperdraw", "AgiMicroRna", "CGHnormaliter", "aroma.light", "HEM", "affypdnn", "RWebServices", "Genominator", "affycomp", "GeneR", "sizepower", "edd", "CSAR", "MiChip", "Icens", "Rmagpie", "stepNorm", "limma", "iterativeBMAsurv", "iChip", "Mfuzz", "Agi4x44PreProcess", "nudge", "genomes", "siggenes", "pkgDepTools", "nem", "maSigPro", "globaltest", "genomeIntervals", "genoCN", "gaga", "GeneRegionScan", "GeneMeta", "betr", "ChemmineR", "biocDatasets", "occugene", "geneplotter", "Rdisop", "goProfiles", "PICS", "cellHTS", "GSEABase", "CORREP", "SamSPECTRAL", "BGmix", "flowFP", "explorase", "arrayQuality", "BeadDataPackR", "GeneticsDesign", "Ruuid", "splots", "rsbml", "minet", "Heatplus", "plier", "pcot2", "flowUtils", "PCpheno", "RTCA", "Rgraphviz", "RefPlus", "logitT", "gpls", "affyILM", "cellHTS2", "HTqPCR", "IRanges", "simulatorAPMS", "qvalue", "idiogram", "genArise", "gaggle", "biocGraph", "quantsmooth", "maanova", "MLInterfaces", "AffyCompatible", "SLGI", "xcms", "miRNApath", "iFlow", "flowQ", "domainsignatures", "MotIV", "Biostrings", "CoCiteStats", "DEGseq", "sagenhaft", "oligo", "maigesPack", "OrderedList", "SLqPCR", "GenomicFeatures", "microRNA", "frma", "ConsensusClusterPlus", "girafe", "geneRecommender", "SpeCond", "LBE", "cycle", "ctc", "BCRANK", "charm", "RankProd", "Ringo", "pickgene", "hopach", "GenomicRanges", "BiocCaseStudies", "Rtreemix", "xps", "parody", "crlmm", "Rsamtools", "ROC", "GeneSelector", "GeneSelectMMD", "affyPara", "DFP", "BioMVCClass", "baySeq", "webbioc", "splicegear", "rflowcyt", "eisa", "bgx", "CAMERA", "RLMM", "DNAcopy", "cghMCR", "KCsmart", "oligoClasses", "flowViz", "GeneticsPed", "HilbertVis", "LPEadj", "safe", "reb", "flowStats", "OLINgui", "plgem", "mBPCR", "codelink", "affy", "GeneTraffic", "externalVector", "ChIPpeakAnno", "ITALICS", "AffyTiling", "spkTools", "matchprobes", "flagme", "RMAGEML", "segmentSeq", "MantelCorr", "bioDist", "KEGGgraph", "cosmo", "ChromHeatMap", "RBioinf", "PROMISE", "vbmp", "sscore", "snpMatrix", "metaArray", "dyebias", "GeneRfold", "ABarray", "makecdfenv", "convert", "annaffy", "RmiR", "spotSegmentation", "ppiStats", "goseq", "CGHcall", "bgafun", "topGO", "Resourcerer", "OCplus", "yaqcaffy", "rHVDM", "pint", "frmaTools", "flowClust", "adSplit", "affylmGUI", "plateCore", "pgUtils", "biocViews", "SSPA", "ShortRead", "GeneticsBase", "CMA", "rama", "prada", "pdInfoBuilder", "makePlatformDesign", "gene2pathway", "flowTrans", "exonmap", "ecolitk", "GlobalAncova", "genefilter", "AffyExpress", "widgetTools", "impute", "SMAP", "Rolexa", "GSEAlm", "vsn", "tkWidgets", "panp", "flowFlowJo", "KEGGSOAP", "OutlierD", "BufferedMatrixMethods", "GEOmetadb", "spikeLI", "multtest", "MergeMaid", "chipseq", "CGHbase", "RBGL", "arrayMvout", "SRAdb", "PGSEA", "LiquidAssociation", "lapmix", "RpsiXML", "affyio", "ChIPsim", "nnNorm", "lumi", "logicFS", "GOstats", "RdbiPgSQL", "VanillaICE", "Harshlight", "PAnnBuilder", "GLAD", "DESeq", "MeasurementError.cor", "altcdfenvs", "DEDS", "MANOR" ], "childnum": 389 }, "AgilentChip": { "name": "AgilentChip", "subViews": [ ], "parentViews": [ "ChipManufacturer" ], "packageList": [ "AgiMicroRna" ], "childnum": 1 }, "SequenceAnnotation": { "name": "SequenceAnnotation", "subViews": [ "GenomicSequence" ], "parentViews": [ "AnnotationData" ], "packageList": [ "microRNA" ], "childnum": 3 }, "aCGH": { "name": "aCGH", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayDomains" ], "packageList": [ "KCsmart", "mBPCR", "pint" ], "childnum": 3 }, "AssayTechnologies": { "name": "AssayTechnologies", "subViews": [ "Sequencing", "SAGE", "Microarray", "MassSpectrometry", "FlowCytometry", "MicrotitrePlateAssay", "HighThroughputSequencing" ], "parentViews": [ "Software" ], "packageList": [ "spkTools" ], "childnum": 229 }, "DataImport": { "name": "DataImport", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Infrastructure" ], "packageList": [ "RTools4TB", "GEOquery", "ArrayExpress", "affxparser", "beadarraySNP", "Starr", "aCGH", "oneChannelGUI", "MassArray", "simpleaffy", "HELP", "rtracklayer", "limmaGUI", "SAGx", "limma", "genomeIntervals", "GeneRegionScan", "HTqPCR", "oligo", "ctc", "Ringo", "xps", "Rsamtools", "codelink", "makecdfenv", "affylmGUI", "ShortRead", "exonmap", "Rolexa", "SRAdb", "affyio", "MANOR" ], "childnum": 32 }, "GO": { "name": "GO", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Annotation" ], "packageList": [ "annotate", "GOSemSim", "goTools", "RNAither", "Category", "globaltest", "goProfiles", "annaffy", "goseq", "GOstats" ], "childnum": 10 }, "FlowCytometry": { "name": "FlowCytometry", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayTechnologies" ], "packageList": [ "flowMeans", "flowMerge", "SamSPECTRAL", "iFlow", "flowStats", "flowClust", "flowTrans", "flowFlowJo" ], "childnum": 8 }, "ChIPseq": { "name": "ChIPseq", "subViews": [ ], "parentViews": [ "HighThroughputSequencing" ], "packageList": [ "BayesPeak", "CSAR", "PICS", "ChIPpeakAnno", "ChIPsim", "DESeq" ], "childnum": 6 }, "ReportWriting": { "name": "ReportWriting", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Annotation" ], "packageList": [ "xmapcore", "ArrayTools", "arrayQualityMetrics", "xmapbridge", "DynDoc", "simpleaffy", "affycoretools", "SpeCond", "annaffy", "yaqcaffy", "exonmap", "AffyExpress" ], "childnum": 12 }, "RNAseq": { "name": "RNAseq", "subViews": [ ], "parentViews": [ "HighThroughputSequencing" ], "packageList": [ "oneChannelGUI", "edgeR", "DEGseq", "goseq", "DESeq" ], "childnum": 5 }, "Proteomics": { "name": "Proteomics", "subViews": [ ], "parentViews": [ "BiologicalDomains" ], "packageList": [ "clippda", "PROcess", "MassSpecWavelet", "PLPE", "ScISI", "PCpheno", "SLGI", "LPEadj", "plgem", "ppiStats", "RpsiXML", "PAnnBuilder" ], "childnum": 12 }, "Transcription": { "name": "Transcription", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayDomains" ], "packageList": [ "xmapcore", "BicARE", "qpgraph", "GSRI", "simpleaffy", "tigre", "BAC", "CSAR", "oligo", "xps", "splicegear", "goseq", "rHVDM", "exonmap", "altcdfenvs" ], "childnum": 15 }, "BiologicalDomains": { "name": "BiologicalDomains", "subViews": [ "Genetics", "CellBiology", "Proteomics" ], "parentViews": [ "Software" ], "packageList": [ "GGtools", "GGBase", "BSgenome", "aCGH", "fbat", "MassArray", "GSRI", "GeneR", "CSAR", "genomeIntervals", "genoCN", "GeneticsDesign", "IRanges", "Biostrings", "GenomicFeatures", "GenomicRanges", "GeneticsPed", "GeneRfold", "pint", "GeneticsBase", "LiquidAssociation", "logicFS", "flowMeans", "SamSPECTRAL", "LiquidAssociation", "clippda", "PROcess", "MassSpecWavelet", "PLPE", "ScISI", "PCpheno", "SLGI", "LPEadj", "plgem", "ppiStats", "RpsiXML", "PAnnBuilder" ], "childnum": 36 }, "ExperimentData": { "name": "ExperimentData", "subViews": [ "HighThroughputSequencingData", "Cancer", "FlowCytData", "StemCells", "HIV" ], "parentViews": [ "BiocViews" ], "packageList": [ "goseq", "flowMeans", "SamSPECTRAL", "flowMeans", "SamSPECTRAL", "flowMeans", "SamSPECTRAL", "flowMeans", "SamSPECTRAL" ], "childnum": 3 }, "Classification": { "name": "Classification", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Bioinformatics" ], "packageList": [ "RTools4TB", "MCRestimate", "MiPP", "methVisual", "BioSeqClass", "ExpressionView", "pamr", "iterativeBMA", "pdmclass", "made4", "Rmagpie", "gaga", "gpls", "MLInterfaces", "maigesPack", "ctc", "eisa", "vbmp", "bgafun", "rHVDM", "CMA", "gene2pathway", "logicFS" ], "childnum": 23 }, "MultiChannel": { "name": "MultiChannel", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Microarray" ], "packageList": [ "aroma.light" ], "childnum": 1 }, "Bioinformatics": { "name": "Bioinformatics", "subViews": [ "Clustering", "Preprocessing", "Visualization", "MultipleComparisons", "TimeCourse", "SequenceMatching", "QualityControl", "Classification" ], "parentViews": [ "Software" ], "packageList": [ "GGtools", "GGBase", "clippda", "Biobase", "xmapcore", "MCRestimate", "SIM", "BicARE", "tspair", "ssize", "rbsurv", "factDesign", "dualKS", "methVisual", "sigPathway", "plw", "flowMeans", "twilight", "metahdep", "puma", "flowMerge", "LMGene", "GraphAT", "qpgraph", "pcaMethods", "LPE", "RNAither", "simpleaffy", "tigre", "iterativeBMA", "XDE", "edgeR", "diffGeneAnalysis", "ACME", "affyContam", "limmaGUI", "BAC", "SAGx", "Category", "made4", "daMA", "HEM", "sizepower", "edd", "Icens", "limma", "iterativeBMAsurv", "iChip", "nem", "globaltest", "gaga", "GeneMeta", "betr", "occugene", "GSEABase", "CORREP", "SamSPECTRAL", "flowFP", "gpls", "HTqPCR", "MLInterfaces", "miRNApath", "iFlow", "domainsignatures", "CoCiteStats", "oligo", "maigesPack", "SLqPCR", "ConsensusClusterPlus", "SpeCond", "LBE", "cycle", "charm", "BiocCaseStudies", "Rtreemix", "parody", "crlmm", "ROC", "GeneSelectMMD", "DFP", "baySeq", "rflowcyt", "LPEadj", "flowStats", "mBPCR", "flagme", "segmentSeq", "MantelCorr", "bioDist", "PROMISE", "vbmp", "sscore", "metaArray", "bgafun", "topGO", "OCplus", "flowClust", "adSplit", "affylmGUI", "gene2pathway", "flowTrans", "exonmap", "GlobalAncova", "genefilter", "AffyExpress", "impute", "GSEAlm", "OutlierD", "chipseq", "arrayMvout", "LiquidAssociation", "lapmix", "ChIPsim", "GOstats", "VanillaICE", "MeasurementError.cor", "DEDS" ], "childnum": 246 }, "TimeCourse": { "name": "TimeCourse", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Bioinformatics" ], "packageList": [ "timecourse", "tigre", "limma", "Mfuzz", "maSigPro", "betr", "RTCA", "cycle", "RmiR", "LiquidAssociation" ], "childnum": 10 }, "HighThroughputSequencing": { "name": "HighThroughputSequencing", "subViews": [ "RNAseq", "ChIPseq" ], "parentViews": [ "AssayTechnologies" ], "packageList": [ "oneChannelGUI", "edgeR", "GenomicFeatures", "girafe", "GenomicRanges", "Rsamtools", "baySeq", "segmentSeq", "ShortRead", "SRAdb", "DESeq" ], "childnum": 18 }, "SNP": { "name": "SNP", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayDomains" ], "packageList": [ "GGtools", "GGBase", "SNPchip", "beadarraySNP", "MassArray", "siggenes", "GeneRegionScan", "oligo", "crlmm", "RLMM", "mBPCR", "snpMatrix", "logicFS", "VanillaICE" ], "childnum": 14 }, "SequenceMatching": { "name": "SequenceMatching", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Bioinformatics" ], "packageList": [ "cosmoGUI", "seqLogo", "Biostrings", "microRNA", "BCRANK", "cosmo" ], "childnum": 6 }, "StemCells": { "name": "StemCells", "subViews": [ ], "parentViews": [ "ExperimentData" ], "packageList": [ "flowMeans", "SamSPECTRAL" ], "childnum": 2 }, "QualityControl": { "name": "QualityControl", "subViews": [ ], "parentViews": [ "Bioinformatics" ], "packageList": [ "OLIN", "affyPLM", "beadarray", "affyQCReport", "Starr", "methylumi", "ArrayTools", "oneChannelGUI", "arrayQualityMetrics", "RNAither", "simpleaffy", "HELP", "limmaGUI", "RPA", "limma", "arrayQuality", "HTqPCR", "Ringo", "OLINgui", "dyebias", "spotSegmentation", "yaqcaffy", "affylmGUI", "ShortRead", "rama", "AffyExpress", "Rolexa", "spikeLI", "arrayMvout", "altcdfenvs", "MANOR" ], "childnum": 31 }, "HIV": { "name": "HIV", "subViews": [ ], "parentViews": [ "ExperimentData" ], "packageList": [ "flowMeans", "SamSPECTRAL" ], "childnum": 2 }, "DifferentialExpression": { "name": "DifferentialExpression", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayDomains" ], "packageList": [ "bridge", "clippda", "ssize", "copa", "factDesign", "fdrame", "timecourse", "sigPathway", "plw", "twilight", "metahdep", "ArrayTools", "puma", "LMGene", "oneChannelGUI", "LPE", "macat", "GSRI", "PLPE", "simpleaffy", "XDE", "edgeR", "diffGeneAnalysis", "limmaGUI", "SAGx", "daMA", "AgiMicroRna", "HEM", "edd", "limma", "nudge", "siggenes", "maSigPro", "globaltest", "gaga", "betr", "BGmix", "pcot2", "logitT", "HTqPCR", "maanova", "miRNApath", "DEGseq", "oligo", "maigesPack", "OrderedList", "SpeCond", "RankProd", "pickgene", "xps", "ROC", "GeneSelector", "GeneSelectMMD", "DFP", "baySeq", "webbioc", "bgx", "plgem", "flagme", "sscore", "metaArray", "OCplus", "pint", "affylmGUI", "exonmap", "GlobalAncova", "AffyExpress", "multtest", "MergeMaid", "lapmix", "DESeq", "DEDS" ], "childnum": 72 }, "MicrotitrePlateAssay": { "name": "MicrotitrePlateAssay", "subViews": [ ], "parentViews": [ "AssayTechnologies" ], "packageList": [ "HTqPCR" ], "childnum": 1 } }